Integrative Genomics Viewer IGV for Mac - Download

저는 수년 동안 데이터 서열 분석에 몰두해 왔으며, 솔직히 말해서 게놈에서 무슨 일이 일어나고 있는지 *확인*해야 할 때 결코 실망시키지 않는 앱은 IGV입니다. 화려하지는 않지만 작업이 빠르게 완료됩니다. 지난 주에는 BAM 파일과 VCF에 빠져 있었는데 IGV는 문제 없이 모든 것을 로드했습니다. 화려한 UI도 없고 학습 곡선도 없습니다. 드래그 앤 드롭만 하면 됩니다. 돌연변이를 발견하거나 샘플 전체에서 유전자 발현을 확인하려는 경우 이것이 가장 좋은 친구입니다.

좋은 것들

정말 눈에 띄는 것은 무엇입니까? 충돌 없이 큰 파일을 처리하는 방식. 한번은 전체 게놈 시퀀싱 실행에서 10GB BAM 파일을 열었는데 아무 일도 일어나지 않은 것처럼 바로 확대되었습니다. 15개의 서로 다른 레이어가 쌓여 있어도 트랙은 계속 반응합니다. 선형 뷰와 원형 뷰 사이를 전환하는 기능도 있나요? 미토콘드리아 DNA나 플라스미드를 볼 때 매우 편리합니다. 또한 ENA 또는 dbGaP와 같은 공개 저장소에서 직접 데이터를 로드하는 것은 생명의 은인입니다. 수동으로 파일을 다운로드하고 포맷할 필요가 없습니다. 게다가 무료입니다. 대학원생이거나 소규모 연구실을 운영하는 경우에는 엄청난 이점입니다.

그다지 좋지 않은 것

초보자에게 친숙하지 않습니다. 처음 열었을 때를 기억합니다. 마치 미래의 스프레드시트를 보는 듯한 느낌이었습니다. 온보딩 튜토리얼이 없으며 일부 설정은 깊이 묻혀 있습니다. 그리고 수많은 형식을 지원하지만 문제가 발생할 때 항상 명확한 오류 메시지를 표시하는 것은 아닙니다. 게놈 파일 형식에 익숙하지 않은 경우 BED 파일이 로드되지 않는 이유를 파악하려고 노력할 수 있습니다. 또한 Mac 전용이므로 Windows나 Linux 사용자는 운이 좋지 않습니다. 혼합 환경에 있는 경우에는 적합하지 않습니다.

결론

Mac에서 유전체학 작업을 수행하는 경우 Mac용 Integrative Genomics Viewer IGV - Download for Mac은 절대적으로 가치가 있습니다. 예쁘지는 않지만 안정적이고 무료입니다. 변형, 발현 또는 정렬 데이터를 분석하는 경우 이 도구를 사용하면 정신을 차릴 수 있습니다. 손을 잡을 것이라고 기대하지 마십시오. 인내심과 유전체학에 대한 기본적인 이해를 가져 오십시오. 그 가격으로는 이기기가 어렵습니다.